L-cystein anvendes hovedsageligt inden for medicin, kosmetik, biokemisk forskning; Anvendes i brødmaterialer til at fremme dannelsen af gluten og fremme gæring, skimmel og forhindre ældning. Anvendes i naturlige juice for at forhindre oxidation af C-vitamin og forhindre, at saften bliver brun. Produktet har afgiftningseffekt, kan bruges til akrylnitrilforgiftning, aromatisk acidose.
Acetylcystein, også kendt som N-acetylcystein eller N-acetyl-L-cystein (NAC), er en medicin, der anvendes til behandling af overdosering og til at løsne tykt slim, såsom i cystisk fibrose eller kronisk obstruktiv lungesygdom.