Cysteaminhydrochlorid kan anvendes til fremstilling af kosmetik, foderstofadditiv, anti-ulcerativ medicin, det kan også anvendes til fremstilling af biokemisk reagens og komplekst middel til tunge kødioner. Det kan reagere med enzym fra menneskekroppen og stabilisere dets ydeevne, når der er stråling, derfor kan det bruges til hærdning af strålingssyndrom og giften af tetraethyl bly. Det kan laves til tabletter eller injektioner.
